این داستان در آینده ای دور پس از تخریب در مورد روز قیامت باتفاق می افتد. و جنگ بین خون آشام ها و انسان ها همچنان ادامه دارد. به منظور حفاظت از انسان ها از خون آشام ها، واتیکان برای کنترل اوضاع تکیه بر متحدان غیر معمول است. شخصیت اصلی، یک کشیش به نام پیتر آبل Nightroad، به عنوان نماینده واتیکان در کشور در سفر است. با این حال، او نیز بخشی از AX، گروه ویژه عملیات کنترل توسط کاردینال Caterina اسفورزا نیز هست. برخورد او با یک دختر جوان به نام استر بلانشت، مبارزه بین نژاد انسان ها و خون آشام ها را تعیین می کند.

یه روز پاییزی در سال 2046، هارویوکی برخوردی با زیباترین دختر مدرسه کورویوکیمه داره که باعث میشه زندگیش بعد از اون ملاقات عوض بشه. این پسر متوسط که اغلب توسط بقیه اذیت میشه با قطعه نرم افزاری که از کورویوکیمه به دست آورده میفهمه که دنیایی مجازی به نام Accel وجود داره.

رسیدگی به مرگ در یک سفینه ی فضایی خود موجب اتفاقات مرگباری می شود و...

یک سال از شکست شورشیان «سیاه» و مرگ طبیعی «زیرو» میگذره در منطقه ی 11، بریتانیا پایه ی آموزش اصلاحیه را گذاشته. جایی که اعضای گروه 11 تبدیل به نمادی از نیروی بی رحم شده اند که افکار شورشیان را سرکوب میکنند و جلوی هر شورشی در آینده را میگیرند. «للوچ» دانشجویی که کسی بهش بدگمان نیست، بدون توجه به گذشته ی سرکشش به عنوان زیرو، به صورت اتفاقی به توطئه ای در مورد زندگی خود و زندگی زن مرموزی که وی را «سی . سی » میشناسند، برخورد میکند. زنی که برایش شخصیت واقعی زیرو و هدف فراموش شده اش را آشکار میسازد. للوچ با حمله به مهاجمین و اعلام مجدد خویش به عنوان زیرو، عازم پایان دادن به چیزی میشود که خودش شروع کننده اش بود...

در دهم آگوست سال 2010 کشور ژاپن به دستور امپراتور بریتانیا مورد حمله نظامی قرار می گیرد قوای انگلیس با استفاده از رباط های جدیدی به نام Knightmare Frames که اخیرا تولید کرده اند موفق به اشغال کشور ژاپن می شود آزادی و حقوق مردم از آنها سلب می شود و به کشور اشغالی ژاپن نام منطقه 11 داده می شود . Lelouch پرنس انگلیسی است که بعد از کشته شدن مادرش بنا به دستور پدرش( امپراتور )که او را از خودش نمی داند به ژاپن فرستاده می شود تا شورشیان ژاپنی را سرکوب کند، Lelouch با خود عهد بسته که پدرش را به قتل رسانده و بریتانیا را نابود کند و انتقام مادرش را از قاتلان بگیرد او همچنین قصد دارد دنیایی جدید با قوانین جدیدی به وجود آورد که در این دنیا خواهرش Nunnally با خوبی و خوشحالی زندگی کند. Lelouch قدرتی دارد که به آن Geass اطلاق می شود نیروی مرموزی که به Lelouchاجازه می دهد تا هرکسی را که بخواهد تحت انقیاد خودش در آورد و هر دستوری که بدهد آن شخص بدون چون و چرا اجرا کند.

در سال 1972 یک دروازه هایپر گیت در سطح ماه کشف شد و بشر شروع به مهاجرت به مریخ و ساکن شدن در اونجا کرد. اما در آخر بذر جنگ کاشته شد...

Izumi Shinichi یه پسر هفده ساله که با مادر و پدرش در یک محله ی آروم در شهر توکیو زندگی میکنه یک شب موجودات فضایی به زمین حمله می کنند انها وارد بدن میزبانشون میشند و در مغز انسان ها ساکن میشندو یکی از انها که سعی داشت از طریق گوش وارد مغز ایزومی بشه وقتی دید با وجود هدفن نمیتونه وارد بازوی راست ایزومی شد و اون بخش رو گرفت و از آن خودش کرد اسمش میگیه!راستی یادم رفت بگم وقتی بدن انسانی را تصاحب می کنند و مغزش را به کنترل درمیارند میرند سراغ آدم ها که بخورنشون! حالا ایزومی که مغزش توسط میگی تصرف نشده داره سعی میکنه هم در کنار اون زندگی کنه هم سعی می کنه جلوی اون دسته از موجودات بیگانه ای که با آدم ها حمله میکنند با کمک میگی بگیره و این طوری یک داستان سراسر مرگ و حماقت شروع میشه...

دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیرویعلم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اماکار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از اینگونه کیمیا، برادر بزرگتر، ادوارد الریک پای چپش و برادر کوچکتر، الفونسالریک تمام بدنش را از دست می دهد. ادوارد برای نجات برادرش دست راستش راقربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند وادوارد با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، “اتومیل”، را دریافت میکند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یادمی کند که به دنبال اکسیر بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشانبازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک “کیمیاگر ایالت” شود، یعنیکسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.

بعد از مرگ مادرشان، Alphonse و Edward Elric تلاش میکنند تا با استفاده از دانش ممنوع کیمیاگری او را برگردانند. اما کیمیاگری براساس نظریه داد و ستد یا مبادله برابر عمل می کند و این قانون اساسی در کیمیاگری است یعنی چیزی با ارزش برابر لازم است تا عملیات انجام گیرد و شکستن قوانین نهی شده و تابوی کیمیاگری بهای سنگسنس دارد. Ed یکی از پاهایش را از دست می دهد و Al تمام بدنش را از دست می دهد. Ed توانست روح Al را در داخ یک زره کامل بسیار بزرگ حبس کند که به قیمت از دست دادن بازویش تمام شد. سالها بعد Ed ( با دو عضو مکانیکی ) و Al ( که هنوز در آن زره بدام افتاده است ) خانه دوران کودکی خود را ترک می کنند، هرکدام از آنها فقط به فکر خوشحالی دیگری است. Ed که استعداد ذاتی و مهارب بالایی در کیمیاگری دارد از نظر بین المللی تصدیق می شود و شهرت زیادی بدست می آورد، او بزودی همه جا به " Fullmetal Alchemist " مشهور می شود. هدف اصلی آنها پیدا کردن هرگونه اطلاعاتی درباره سنگ افسانه ای اندیشمند است. با این امید که آن سنگ به آنها اجازه دهد بدنهای قدیمی خود را بدست آورند. تمام امید آنها به آن سنگ اسرار آمیز است که حتی ممکن است وجود نداشته باشد. اما این دو برادر بزودی می فهمند که آنها تنها کسانی نیستند که بدنبال این سنگ قدرتمند می گردند...

در سال 2015 نیمی از جمعیت نژاد بشر مرده اند و بازماندگان با داوری وحشتناکی از طرف موجودات بزرگ و بسیار قدررتمندی بنام Angels روبرو هستند. Angels ها قرار بود که روح انسانهای مرده باشند. اما این تفکر اشتباه است و آنها در دنیایی از توازن و سعادت همیشگی زندگی نمیکنند بلکه آنها در دنیای ما زندگی میکنند آن هم با هدف نابود کردن نسل بشر. ماشینهای بزرگ و زنده ای بنام Evangelion برای مبارزه و کشتن این هیولاها ساخته شده، اما این ماشینها وحشی و رام نشدنی هستند و برای اینکه این ماشینها بدرستی کار کنند باید یک خلبان با جنبه های روحی و روانی مناسب پیدا شود. به این منظور در داخل Tokyo درون مرکز فرماندهی سازمانی مخفی بنام NERV نوجوانهای مناسب را برای این کار انتخاب میکند و آنها را برای خلبانی با این ماشینها تمرین میدهد تا آنها بتوانند با Angel ها مبارزه کنند حتی اگر به قیمت از دادن ذهن و روحشان تمام شود Shinji Ikari که پدرش رئیس تیمی در NERV است که Evangelion ها را تولید کرده برای خلبانی یکی از این ماشینها انتخاب شده است. او تحت فشار زیاد وارد مبارزات و حوادثی میشود که چیزی از آنها نمیفهمد و مجبور میشود که برای پیدا کردن شجاعت و قدرت نه تنها برای مارزه کردن با این هیولاها بلکه زنده ماندن به عمق وجود خودش رجوع کند.