قوی‌ترین شکارچی‌هایی که زمانی در انجمن شکارچیان وجود داشتند به دو دسته «روشن» و «تاریک» تقسیم شدند و هر کدام مسیرهای مربوط به خود را طی کردند. طرف "تاریک" شروع به حرکت می کند تا همه شکارچیان را قتل عام کند! پس از یک حمله وحشیانه ...

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.

اقتباس انیمیشن دختری به نام Ao Gennai را دنبال می کند که نمونه اولیه F.A برای او ارسال می شود. دختری که به Gourai معروف است و وظیفه دارد به او کمک کند تا اطلاعات مربوط به جنگ و احساسات را جمع آوری کند.

"کیچی میبارا"که در خانه جدید خود در دهکده ی ارام سکونت دارد, در مدرسه با دختران دوست می شود. او برای شرکت در یک جشنواره بزرگ اینجاست. اما به نظر می رسد رازی در این شهر نهفته است ,براستی چه رازهای پشت سکوت و آرامش این شهر کوچک وجود دارد؟

کیچی مابرا در خانه جدید خود در روستای آرام هینامیزوا است و با دخترانی از مدرسه دوست می شود. او برای یک جشنواره بزرگ اینجاست. اما چیزی در مورد این شهر به نظر می رسد، با این ترس، چه رازهای تاریکی می تواند این کوچک ...