دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.

دیجی‌مون‌ها از درون تخم‌هایی به‌نام تخم دیجی (Digi Egg) زاده می‌شوند. آن‌ها به وسیله‌ی پروسه‌ی تکامل دیجیتال (Digivolution) بالغ می‌گردند. در این حالت رفتارشان عوض شده، تمایلات خاص پیدا می‌کنند و قدرتشان افزایش می‌یابد. با این حال آثار تکامل دیجیتال دائمی نیست و غالب اوقات دیجیمون تکامل یافته پس از نبرد یا در هنگام ضعف نیرو به حال نخست برمی‌گردد. با این که برخی از رفتار دیجی‌مون‌ها حیوان-مانند است ولی در بسیاری از موارد مانند قدرت تکلّم آن‌ها از زیرکی و فراست انسانی بهره می‌برند. آن‌ها می‌توانند به وسیله دیجی وایس‌های شریکان انسانی‌شان تکامل دیجیتالی یابند. در برخی موارد، مانند سری نخست، مربّی دیجیمون مجبور است چیزهایی مانند آویز (crest)ها و نشان (tag) ها را بیابد تا دیجیمون‌اش بتواند پس از مرحله‌ی مگا (Mega) به مرحله‌ی بالاتر برود.نخستین آنامی دیجیمون چرخه‌ی زندگی دیجیمون‌ها را معرّفی کرد: آن‌ها به وجود می‌آیند ولی در شرایط طبیعی از بین نمی‌روند زیرا که از اطّلاعات (data) ساخت‌یافته تشکیل گردیده‌اند. دیجی‌مون‌های پیر و دیجی‌مونهایی که زخم‌های مهلک برداشته‌اند در هنگام مرگ به بیت (bit) های اطّلاعات تجزیه می‌گردند. این اطّلاعات اگر به وسیله‌ی دیجی‌مون غالب جذب نگردد در یک چرخه‌ی ققنوس‌وار دوباره به صورت یک تخم دیجی فشرده شده و به شهر شروع ابدی بازمی‌گردد و در آن‌جا اگر به آرامی نوازش شوند، دوباره از آن یک دیجی‌مون نوزاد به دنیا می‌آید. دیجی‌مونی که این‌گونه احیا می‌شود ممکن است قسمتی یا همه‌ی خاطرات زندگی گذشته‌اش را به‌یادبیاورد (مانند آنگه‌مون (Angemon) در سری نخست دیجی‌مون). هم‌چنین اگر اطّلاعات دیجی‌مونی به طور کامل نابود گردد، او خواهد مرد (مانند حادثه‌ی تونل زیرزمینی در سری سوم دیجی‌مون مربّیان دیجی‌مون (Digimon Tamers).

Digimon Adventure چند سال بعد از ماجراهای کودکان انتخاب شده در دنیای دیجیتال، یک دسته جدید از کودکان انتخاب میشوند که دنیای دیجیتال را نجات بدهند.حاکم شر شناخته شده به عنوان قیصر،یا امپراطور Digimon دنیای دیجیتال را به بردگی مجبور میکند.گروه جدیدی از کودکان برگزیده، با کمک Digimon خود، سفر خودشون رو برای شکست امپراطور دیجیمون، شروع میکنند.