سی سال بعد از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید به ژاپن حمله می کند...

دولت ژاپن اخبار وحشتناک گودزیلا را مخفی می کند زیرا تنش های سیاسی بین ایالات متحده و اتحاد جماهیر شوروی افزایش می یابد و هر دوی آنها برای متوقف کردن هیولا، مایل به بمباران ژاپن هستند.

سه سال از تخریب سیاره La Maetel می گذرد ، اما Machine Empire به اندازه همیشه تهدید است. نوجوان تتسورو که اکنون یک مبارز شورشی است ، می فهمد که Galaxy Express 999 در حال بازگشت است و Maetel نیز در آن حضور دارد.