دیسیبتیکانها که باشکست مواجه شده بودند حالا به دنبال انتقام هستند وفعالیتهای مخفی خودرا آغاز کرده اند ودر این راه فقط یک نفر میتواند مانع آنها شود و او سام ویتویکی(شیا لبوف) است منتها سام به دانشگاه رفته ونمیخواهد وقت خود را به درگیری با تبدیل شوندگان بگذراند او حتی از ماشین مورد علاقه اش جدا شده است ولی اتفاقاتی باعث میشود که سام در تصمیمش تجدید نظر کند پس سام(شیا لبوف) ودوست دخترش میکالا بانز(مگان فاکس) تصمیم میگیرند بازهم با تبدیل شوندگان بجنگند …

«سام» یک دانش آموز دبیرستانی است که پدرش به مناسبت فارغ التحصیلی برای او یک اتومبیل کامروی دست دوم خریده است. سام از این موضوع بسیار خوشحال است اما در ادامه متوجه می شود اتومبیل او در واقع یک روبات تغییر شکل دهنده به نام «بامبلی» است که به یک گونه از روباتهای فرا زمینی به اسم «اتوبوت» تعلق دارد. اتوبوت ها بهمراه «دسپتیکون ها» دو گونه متفاوت از نژاد رباتها هستند که درگیری و نبرد بین آنها از سیاره شان «سایبرترون» به کره زمین کشیده شده است. یک قرن پیش رهبر دسپتیکون ها که «مگاترون» نام دارد برای پیدا کردن یک مکعب به اسم «آل اسپارک» که قدرت حاکمیت بر جهان را به دارنده اش می دهد به زمین آمده است اما در قطب شمال یخ زده است. اتوبوت ها به رهبری «اپتیموس پرایم» قصد دارند با نابود کردن آل اسپارک از انسانها حمایت کنند …

سال 2020، لندن. «آدام ساتلر» (هرت)، رهبر فاشیست، حکومتی خودکامه در انگلستان برقرار کرده است. به اعتقاد او آن چه مردم نیاز دارند امنیت است نه آزادی. اما در این میان، مردی به نام «وی» (ویوینگ) تصمیم گرفته این نظام زورگو را به زیر بکشد...

نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود 72 ساعت تا حمله 250 هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد...

سفر «نیو» (ریوز) به دنیای واقعی و به دروازه های ورودی ماتریکس، تغییر و تحولاتی در او به وجود آورده و او را از قدرت هایش محروم و در ناکجا آبادی بین ماتریکس و دنیای ماشین ها رها کرده است. جنگ بین انسان و ماشین نیز به اوج خود رسیده...

داستان قسمت سوم درست از جایی شروع می‌‌شود که قسمت دوم(ارباب حلقه‌ها: دو برج) تمام شده بود.اِنت‌ها از برج آیزنگارد محافظت می‌کنند و فرودو (الیجا وود) و سام (شون آستین) که توسط گالوم هدایت می‌‌شوند در بیابان داگورلد(میدان نبرد) هستند، و این در حالی است که حلقه از گردن فرودو آویزان است. او با سام راه کوه هلاکت را در پیش گرفته و سنگینی حاصل از مسئولیتی را که حلقه روی دوشش گذاشته است را احساس می‌‌کند. آنها باید به کوه هلاکت بروند چرا که حلقه در آنجا به وجود آمده ودر آنجا هم باید از بین برود. که ناگهان با تاریکی هوا مواجه می‌‌شوند و باید از گالوم که یکی ار حمل کننده‌های سابق حلقه بوده است و اکنون چهره‌اش تغییر یافته کمک بگیرند...

داستان دو برج در پی یاران حلقه رخ می دهد که حول سه محور می چرخد. در یک سو فرودو و سم به سفر خود بسوی موردور جایگاه سارون ادامه می دهند تا حلقه را نابود کنند. در دیگر سو آراگون و همراهانش به سرزمین جنگ زده ی روهان می رسند و همرا با گاندولف آماده ی نبرد هلمز دیپ می گردند و در سوی دیگر مری و پیپین از بند می گریزند و همراه با تری بیرد نقشه ی حمله به ایزنگراد را می ریزند ...

یک هکر کامپیوتری به نام «توماسن آندرسن» (ریوز) با «مورفیوس» (فیش برن) آشنا می شود که اطلاعات جالبی در اختیارش می گذارد: هر آن چه در پیرامونش می گذرد، غیر واقعی است و اکنون سال 2199 است و «توماس» نیز قربانی «ماتریکس» است؛ یک سیستم هوشمند عظیم مصنوعی که به ذهن آدم ها رسوخ کرده و توهم واقعی بودن دنیا را برای شان به وجود آورده است…

چیزی از پیروزی «بیب» در مسابقه چوپانی در قسمت قبلی نمی‌گذرد که‌ "هاگت" مزرعه‌دار آسیب می‌بیند و دیگر نمی‌تواند کار کند. "بیب" برای نجات مزرعه باید به شهر بزرگ برود...

«آلبرت هوگت» (کرامول) بچه خوکی را که مادرش او را «بیب» صدا می زده، می خرد و به مزرعه ی سبز و بزرگش می برد. «بیب» خیلی زود با دیگر حیوانات مزرعه آشنا می شود و با هوشی که دارد جای سگ گله ی مزرعه، «رکس» را می گیرد.