اعضای سابق نخبگان بخش 9 ژاپن که به عنوان واحد مزدور استخدام شده اند با ظهور ناگهانی "Post-Human" روبرو می شوند ...

"آن" سیزده ساله که یک دختر معمولی می باشد، یک صندوق گنج پیدا می کند که او را به "آمفیبیا" می فرستد، جهانی پر از قورباغه ها و حشرات غول پیکر...

در دنیای این انیمه دنیایی دیگر وجود دارد که شیاطین در آن دنیا زندگی میکنند. دنیای انسان ها و شیاطین از یکدیگر جدا هستند ولی به وسیله ی دروازه ای به هم متصلند. هیچ موجودی نمی تواند از دنیایی به دنیای دیگه بره ولی شیاطین به وسیله ی تسخیر اشیاء، انسان ها، و سایر موجودات می توانند به دنیای انسان ها بیاند. هر کدوم از این دنیاها هم اسم خاص خودش رو داره.

انیمه ناروتو شیپودن که ادامه سری ناروتو است، ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از 3 سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند ناروتو امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو (یکی از سه سنین افسانه ای که بعد ها به دشمن دهکده کونوها تبدیل شد) نجات دهد در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل 10 شینوبی قدرتمند است و هدفش جمه آوری تمام هیولای دم دار است) فعالیت خود را آغاز می کند و در اولین اقدام کازگه دهکده شن گارا (جینچووریکی 1 دم) را می ربایند ناروتو به همراه استاد خود کاکاشی و هم گروهیش ساکورا برای نجات گارا به دهکده شن می روند ولی گروه آکاتسوکی دنبال ناروتو (جینچووریکی 9 دم) نیر هست ولی ناروتو قوی تر از چیزی بود که گروه آکاتسوکی فکر کرده بود...

ملکه دوم زنی نیزه دار را استخدام می کند تا پسرش را از دست میکادو (امپراتور) نجات دهد که معتقد است شاهزاده جوان توسط یک دیو آب تسخیر شده است که پیش بینی شده بود در صورت زنده ماندن او خشکسالی وحشتناکی را بر روی زمین بیاورد.

ماسارو،یه پسری که دوم دبیرستان مقدماتیه و بزن بهادر خیابونیه،میخواد بدونه معنیه کلمه ی "کار گروهی" چیه. بعد از این که آگومون از DTAS فرار میکنه،یه سازمانی که کارش مربوط به دیجیمون هاست با ماسورو یه جنگو راه میندازه.به زودی یوشینو و لالامون میان که آگامون رو دستگیر کنن، و دوتا جنگجو فرار میکنن.بعد از ظاهر شدن دیجیمون های شیطانی حالا تصمیم با ماسورو و آگامونه که با قدرت DNA خودشون اونو شکست بدن. به زودی ماسورو باید به DTAS بپیونده تا به ظاهر شده دیجیمون ها خاتمه بده.با کمک یوشینو ،ایکوتو و توما این گروه باید هر دیجیمون شیطانی رو متوقف کنن و اونا رو به دنیای دیجیتال برگردونن. اما همه چیز اونطور که پیش بینی شده بود پبش نمیره...

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.

ماجراهای آینده نگرانه یک مامور اطلاعاتی ضد سایبورگ و تیم پشتیبانی او...

دیجی‌مون‌ها از درون تخم‌هایی به‌نام تخم دیجی (Digi Egg) زاده می‌شوند. آن‌ها به وسیله‌ی پروسه‌ی تکامل دیجیتال (Digivolution) بالغ می‌گردند. در این حالت رفتارشان عوض شده، تمایلات خاص پیدا می‌کنند و قدرتشان افزایش می‌یابد. با این حال آثار تکامل دیجیتال دائمی نیست و غالب اوقات دیجیمون تکامل یافته پس از نبرد یا در هنگام ضعف نیرو به حال نخست برمی‌گردد. با این که برخی از رفتار دیجی‌مون‌ها حیوان-مانند است ولی در بسیاری از موارد مانند قدرت تکلّم آن‌ها از زیرکی و فراست انسانی بهره می‌برند. آن‌ها می‌توانند به وسیله دیجی وایس‌های شریکان انسانی‌شان تکامل دیجیتالی یابند. در برخی موارد، مانند سری نخست، مربّی دیجیمون مجبور است چیزهایی مانند آویز (crest)ها و نشان (tag) ها را بیابد تا دیجیمون‌اش بتواند پس از مرحله‌ی مگا (Mega) به مرحله‌ی بالاتر برود.نخستین آنامی دیجیمون چرخه‌ی زندگی دیجیمون‌ها را معرّفی کرد: آن‌ها به وجود می‌آیند ولی در شرایط طبیعی از بین نمی‌روند زیرا که از اطّلاعات (data) ساخت‌یافته تشکیل گردیده‌اند. دیجی‌مون‌های پیر و دیجی‌مونهایی که زخم‌های مهلک برداشته‌اند در هنگام مرگ به بیت (bit) های اطّلاعات تجزیه می‌گردند. این اطّلاعات اگر به وسیله‌ی دیجی‌مون غالب جذب نگردد در یک چرخه‌ی ققنوس‌وار دوباره به صورت یک تخم دیجی فشرده شده و به شهر شروع ابدی بازمی‌گردد و در آن‌جا اگر به آرامی نوازش شوند، دوباره از آن یک دیجی‌مون نوزاد به دنیا می‌آید. دیجی‌مونی که این‌گونه احیا می‌شود ممکن است قسمتی یا همه‌ی خاطرات زندگی گذشته‌اش را به‌یادبیاورد (مانند آنگه‌مون (Angemon) در سری نخست دیجی‌مون). هم‌چنین اگر اطّلاعات دیجی‌مونی به طور کامل نابود گردد، او خواهد مرد (مانند حادثه‌ی تونل زیرزمینی در سری سوم دیجی‌مون مربّیان دیجی‌مون (Digimon Tamers).

Digimon Adventure چند سال بعد از ماجراهای کودکان انتخاب شده در دنیای دیجیتال، یک دسته جدید از کودکان انتخاب میشوند که دنیای دیجیتال را نجات بدهند.حاکم شر شناخته شده به عنوان قیصر،یا امپراطور Digimon دنیای دیجیتال را به بردگی مجبور میکند.گروه جدیدی از کودکان برگزیده، با کمک Digimon خود، سفر خودشون رو برای شکست امپراطور دیجیمون، شروع میکنند.