یک موجود قدرتمند ادعا می کند که در عرض یک سال ، زمین توسط او نابود خواهد شد ، اما او با تبدیل شدن به یک معلم خانه ، فرصتی را به بشر می دهد و در آنجا به دانشجویان خود می آموزد که چگونه او را بکشند. کلاس درس ترور آغاز می شود.

در این انیمیشن به رباتی که در دبیرستان تاکشیما ساخته میشود و قرار است با ربات دیگری مسابقه دهد و دو گیمر که عاشق اینگونه بازی ها هستند پرداخته میشود .

دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیرویعلم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اماکار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از اینگونه کیمیا، برادر بزرگتر، ادوارد الریک پای چپش و برادر کوچکتر، الفونسالریک تمام بدنش را از دست می دهد. ادوارد برای نجات برادرش دست راستش راقربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند وادوارد با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، “اتومیل”، را دریافت میکند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یادمی کند که به دنبال اکسیر بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشانبازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک “کیمیاگر ایالت” شود، یعنیکسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.

این داستان در آینده ای دور پس از تخریب در مورد روز قیامت باتفاق می افتد. و جنگ بین خون آشام ها و انسان ها همچنان ادامه دارد. به منظور حفاظت از انسان ها از خون آشام ها، واتیکان برای کنترل اوضاع تکیه بر متحدان غیر معمول است. شخصیت اصلی، یک کشیش به نام پیتر آبل Nightroad، به عنوان نماینده واتیکان در کشور در سفر است. با این حال، او نیز بخشی از AX، گروه ویژه عملیات کنترل توسط کاردینال Caterina اسفورزا نیز هست. برخورد او با یک دختر جوان به نام استر بلانشت، مبارزه بین نژاد انسان ها و خون آشام ها را تعیین می کند.

موشی ها اولین شکل زندگی پایه های تشکیل دهنده ی جهان مادی اونها برای جهان به منزله ی قلب برای دست هستند اونها فراتر از قیدهای خوب یا بد بودن هستند و می تونند شکل های بیشماری داشته باشند مثل رنگین کمان گیاهان و حتی بیماری ها...این که واقعا موسوشی ها درجهان اطراف ما حضور پررنگی دارند و اکثر مردم اونها را نمیشناسند و این که ما نتونستیم تعریف کاملی درموردشون ارائه بدیم ولی این دلیل نمیشه گینکو دست از تحقیقاتش برداره و تسلیم بشه اون به دنبال درک معنای واقعی زندگی سفر میکنه و در طول مسیر سفرش به مردمی که با موشی ها تماس داشتند یا به خاطر اونها دچار بیماری و مشکل شدند کمک میکنه و درمانشون میکنه و به مسیرش ادامه میده...برای رسیدن به معنای زندگی...

بعد از مرگ مادرشان، Alphonse و Edward Elric تلاش میکنند تا با استفاده از دانش ممنوع کیمیاگری او را برگردانند. اما کیمیاگری براساس نظریه داد و ستد یا مبادله برابر عمل می کند و این قانون اساسی در کیمیاگری است یعنی چیزی با ارزش برابر لازم است تا عملیات انجام گیرد و شکستن قوانین نهی شده و تابوی کیمیاگری بهای سنگسنس دارد. Ed یکی از پاهایش را از دست می دهد و Al تمام بدنش را از دست می دهد. Ed توانست روح Al را در داخ یک زره کامل بسیار بزرگ حبس کند که به قیمت از دست دادن بازویش تمام شد. سالها بعد Ed ( با دو عضو مکانیکی ) و Al ( که هنوز در آن زره بدام افتاده است ) خانه دوران کودکی خود را ترک می کنند، هرکدام از آنها فقط به فکر خوشحالی دیگری است. Ed که استعداد ذاتی و مهارب بالایی در کیمیاگری دارد از نظر بین المللی تصدیق می شود و شهرت زیادی بدست می آورد، او بزودی همه جا به " Fullmetal Alchemist " مشهور می شود. هدف اصلی آنها پیدا کردن هرگونه اطلاعاتی درباره سنگ افسانه ای اندیشمند است. با این امید که آن سنگ به آنها اجازه دهد بدنهای قدیمی خود را بدست آورند. تمام امید آنها به آن سنگ اسرار آمیز است که حتی ممکن است وجود نداشته باشد. اما این دو برادر بزودی می فهمند که آنها تنها کسانی نیستند که بدنبال این سنگ قدرتمند می گردند...

شش ماه پس از شکست Majin Buu، Saiyan Son Goku قدرتمند به تلاش خود برای قوی تر شدن ادامه می دهد...