فیلم انیمیشنی بتمن نینجا تعداد زیادی از شخصیت‌های آشنای دنیای کمیک‌های بتمن را گرد هم جمع کرده. شخصیت‌هایی مانند جوکر ، رابین و هارلی کوئین که این شخصیت‌ها در اتفاقی ناگهانی به ژاپن در قرون وسطی منتقل می‌شوند. در این میان بتمن باید راهی پیدا کند تا جلوی جوکر را بگیرد. او قصد دارد تا آینده‌ی این کشور و تاریخ آن را برای همیشه عوض کند و…