"کریشنا مورتی" یکی از نویسندگان برجسته، دنیا را همانند یک پاندول ساعت می داند که این پاندول در حال نوسان است. اگر " سمت راست" گذشته باشد، "سمت چپ" آینده است و میان این دو زمان "حال" او اعتقاد دارد، هر چیزی که در ذهن ما است، گذشته مرده است، حتی خود فکر هم گذشته است. که داستان این انیمیشن هم مرتبط با این موضوع است.

در آینده‌ای دور، بشر تمام سوخت‌های فسیلی خود را مصرف کرده است و آنها را مجبور می‌کند به انرژی خورشیدی به عنوان منبع انرژی جایگزین روی آورند. در نتیجه، این امر باعث ایجاد شکاف بین کشورهای ثروتمند و فقیرتر می شود که در نهایت منجر به...

بعد از مرگ مادرشان، Alphonse و Edward Elric تلاش میکنند تا با استفاده از دانش ممنوع کیمیاگری او را برگردانند. اما کیمیاگری براساس نظریه داد و ستد یا مبادله برابر عمل می کند و این قانون اساسی در کیمیاگری است یعنی چیزی با ارزش برابر لازم است تا عملیات انجام گیرد و شکستن قوانین نهی شده و تابوی کیمیاگری بهای سنگسنس دارد. Ed یکی از پاهایش را از دست می دهد و Al تمام بدنش را از دست می دهد. Ed توانست روح Al را در داخ یک زره کامل بسیار بزرگ حبس کند که به قیمت از دست دادن بازویش تمام شد. سالها بعد Ed ( با دو عضو مکانیکی ) و Al ( که هنوز در آن زره بدام افتاده است ) خانه دوران کودکی خود را ترک می کنند، هرکدام از آنها فقط به فکر خوشحالی دیگری است. Ed که استعداد ذاتی و مهارب بالایی در کیمیاگری دارد از نظر بین المللی تصدیق می شود و شهرت زیادی بدست می آورد، او بزودی همه جا به " Fullmetal Alchemist " مشهور می شود. هدف اصلی آنها پیدا کردن هرگونه اطلاعاتی درباره سنگ افسانه ای اندیشمند است. با این امید که آن سنگ به آنها اجازه دهد بدنهای قدیمی خود را بدست آورند. تمام امید آنها به آن سنگ اسرار آمیز است که حتی ممکن است وجود نداشته باشد. اما این دو برادر بزودی می فهمند که آنها تنها کسانی نیستند که بدنبال این سنگ قدرتمند می گردند...

در سال 2015 نیمی از جمعیت نژاد بشر مرده اند و بازماندگان با داوری وحشتناکی از طرف موجودات بزرگ و بسیار قدررتمندی بنام Angels روبرو هستند. Angels ها قرار بود که روح انسانهای مرده باشند. اما این تفکر اشتباه است و آنها در دنیایی از توازن و سعادت همیشگی زندگی نمیکنند بلکه آنها در دنیای ما زندگی میکنند آن هم با هدف نابود کردن نسل بشر. ماشینهای بزرگ و زنده ای بنام Evangelion برای مبارزه و کشتن این هیولاها ساخته شده، اما این ماشینها وحشی و رام نشدنی هستند و برای اینکه این ماشینها بدرستی کار کنند باید یک خلبان با جنبه های روحی و روانی مناسب پیدا شود. به این منظور در داخل Tokyo درون مرکز فرماندهی سازمانی مخفی بنام NERV نوجوانهای مناسب را برای این کار انتخاب میکند و آنها را برای خلبانی با این ماشینها تمرین میدهد تا آنها بتوانند با Angel ها مبارزه کنند حتی اگر به قیمت از دادن ذهن و روحشان تمام شود Shinji Ikari که پدرش رئیس تیمی در NERV است که Evangelion ها را تولید کرده برای خلبانی یکی از این ماشینها انتخاب شده است. او تحت فشار زیاد وارد مبارزات و حوادثی میشود که چیزی از آنها نمیفهمد و مجبور میشود که برای پیدا کردن شجاعت و قدرت نه تنها برای مارزه کردن با این هیولاها بلکه زنده ماندن به عمق وجود خودش رجوع کند.