یک سال بعد از جنگ بین گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی “مونثرا” برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند…

گودزیلا شهر توکیو را از دست یک هیولای پرنده نجات می دهد ولی ....

در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت تاثیر یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...

این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک موجود که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...

سازمان ملل متحد یک سلاح ویرانگر را برای یکسره کردن کار گودزیلا تهیه می کند و این در حالی است که دانشمندان یک تخم تازه در یکی از جزایر دور افتاده زاپن کشف می کنند...

در میان ویرانگری های گودزیلا، اینبار موثرا از راه می رسد تا نسل بشر را نجات دهد...