بعد از مرگ مادرشان، Alphonse و Edward Elric تلاش میکنند تا با استفاده از دانش ممنوع کیمیاگری او را برگردانند. اما کیمیاگری براساس نظریه داد و ستد یا مبادله برابر عمل می کند و این قانون اساسی در کیمیاگری است یعنی چیزی با ارزش برابر لازم است تا عملیات انجام گیرد و شکستن قوانین نهی شده و تابوی کیمیاگری بهای سنگسنس دارد. Ed یکی از پاهایش را از دست می دهد و Al تمام بدنش را از دست می دهد. Ed توانست روح Al را در داخ یک زره کامل بسیار بزرگ حبس کند که به قیمت از دست دادن بازویش تمام شد. سالها بعد Ed ( با دو عضو مکانیکی ) و Al ( که هنوز در آن زره بدام افتاده است ) خانه دوران کودکی خود را ترک می کنند، هرکدام از آنها فقط به فکر خوشحالی دیگری است. Ed که استعداد ذاتی و مهارب بالایی در کیمیاگری دارد از نظر بین المللی تصدیق می شود و شهرت زیادی بدست می آورد، او بزودی همه جا به " Fullmetal Alchemist " مشهور می شود. هدف اصلی آنها پیدا کردن هرگونه اطلاعاتی درباره سنگ افسانه ای اندیشمند است. با این امید که آن سنگ به آنها اجازه دهد بدنهای قدیمی خود را بدست آورند. تمام امید آنها به آن سنگ اسرار آمیز است که حتی ممکن است وجود نداشته باشد. اما این دو برادر بزودی می فهمند که آنها تنها کسانی نیستند که بدنبال این سنگ قدرتمند می گردند...

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.