بشر در حال مرگ است. فقط یک مرد می تواند در این مورد کاری انجام دهد، کاپیتان فضایی هارلوک، اما ائتلاف گایا برای پایان دادن به او دست از کار نمی کشد....

سه سال از تخریب سیاره La Maetel می گذرد ، اما Machine Empire به اندازه همیشه تهدید است. نوجوان تتسورو که اکنون یک مبارز شورشی است ، می فهمد که Galaxy Express 999 در حال بازگشت است و Maetel نیز در آن حضور دارد.

نبرد با امپراتوری. یاماتو سرانجام به زمین بازمی گردد تا هم پیمانان بیشتری بدست آورد. هنگامی که او به سیاره خانه خود بازگشت...

ماجراهای پسر جوان شجاعی که در تلاشی مصمم از سیاره ای به سیاره دیگر سفر می کند تا انتقام مرگ مادرش را بگیرد.