بعد از یک سری آزمایشات علمی که منجر به وجود بدل " میوتو " میشود و این موجود قصد به نابودی دنیا دارد , اش و دوستانش سعی دارند از این واقعه جلوگیری کنند .

" اش کتمن ساکن "شهر پالت " امروز ده ساله شده و این بدان معنیست که میتواند یک آموزشیار پوکمون شود و ماجراجوئی های زیادی در پیش دارد

هنگامی که خاکستر ، پیکاچو و دوستانشان از یک شهر کویری در کنار دریا بازدید می کنند ، با Mypical Pokémon Hoopa ملاقات می کنند ، که توانایی احضار اشیا-- از جمله افراد و Pokémon - را از طریق حلقه جادویی خود دارد. پس از یک حادثه ترسناک ، آنها یاد می گیرند...

در سال 2116 مقامات کشور ژاپن ارسال هواپیماهای بدون سرنشین را به کشورهای جنگ زده و بی ثبات آغاز می کنند و این سیستم را در سطح دنیا گسترش می دهند. "سیون" که دچار جنگ داخلی شده، به شکل آزمایشی این هواپیماهای بدون سرنشین را وارد نبرد می کند و...

این یک تلاقی بین سریال Lupine III و Case Closed است و بعد از سریال تلویزیونی ویژه Lupin the 3rd vs Detective Conan اتفاق می‌افتد و علاوه بر این عناصر مختلفی از سلف خود را در داستان خود گنجانده است. طرح داستان

اش، پیکاچو و دوستان باید میوتو و گروهش را از تخریب شهر متوقف کنند.

ماجرا دو سال بعد از آرک (دنیای جدید، Shin-Sekai) اتفاق می افتد، جایی که اولین جنگ "کلاه حصیری ها" با خطرناک ترین دشمن فعلیشان (نئو مارین ها)؛ در نیمه ی دوم گرندلاین، رخ می دهد...

در دوره Sengoku یک رونین(سامورایی بدون ارباب)به نام Nanashi از پسربچه ای به نام Kotarou و سگش در یک معبد ویرانه محافظت میکند...

پیکاچو به سمت درخت سرآغاز هستی میرود و همزمان اش و دوستانش نیز توسط لاساریو به آنجا راهنمائی میشوند و ...

در مقطع زمانی متفاوتی، ژاپن بعد از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده، در یکی از این مناطق به نام “هوکیادو” برج بلندی ساخته شده، که حتی از توکیو نیز قابل دیدن است. در تابستان 1996 سه دانش آموز به هم قول می دهند که توسط هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند اما…