چند بیگانه‌ی فضایی با طرح نقشه‌ایدر تلاشند تا کره زمین را تسخیر کنند. آن‌ها دو هیولا با نام های شاه گیدورا و گیگان کمک می‌گیرند که از یک مرکز مخفی روی زمین کنترل می‌شوند. حال وقت آن رسیده تا گودزیلا با کمک دوستش آنزیلا برای مقابله با آن ها وارد نبردی خطرناک شود…

آلودگی زمین باعث شده است که هیولای جدیدی به وجود آید . "هدورا"، هیولای مه , ژاپن را نابود کرده و با "گودزیلا" مبارزه می کند...