تاکاتو ماتسودا،روکی ماتسونو و لی جنریا بچه هایی هستن که با سرنوشت صاحب دیجیمون های واقعی شدن.نه مثل اونایی که تو کارتاشون بازی میکردن.هر کدوم از بچه ها یا هم تیمی های دیجیمون نظرات متفاوتی دارند که چطور باید با دیجیمون ها برخورد کنن.اما وقتی بقیه دیجیمون شروع به پدیدار شدن اطراف ژاپن کردن،اونا باید اختلافاشون رو کنار بزارن تا مزاحمان دیجیتال رو دفع کنن.اگرچه یاماکی کسی که رئیس یه سازمان مخفی به اسم هایپنوز هست سعی داره تاخودش تموم دیجیمون ها را بدست بیاره.

اتفاقات عجیب زمانی رخ می دهد که یک دختر گوشه گیر به نام لاین شیفته یک قلمرو مجازی به هم پیوسته به نام "The Wired" می شود.