دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیرویعلم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اماکار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از اینگونه کیمیا، برادر بزرگتر، ادوارد الریک پای چپش و برادر کوچکتر، الفونسالریک تمام بدنش را از دست می دهد. ادوارد برای نجات برادرش دست راستش راقربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند وادوارد با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، “اتومیل”، را دریافت میکند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یادمی کند که به دنبال اکسیر بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشانبازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک “کیمیاگر ایالت” شود، یعنیکسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.

جنگی منظم در گذر زمان سال ها ادامه داشت تا اینکه به تمدن مدرن انسانی رسید ، دو گروه اصلی درگیر در این جنگ وجود داشت ، گروه اول موجوداتی به نام Chiropteran ها بودن که میتونستن ظاهرشون رو شبیه انسان ها در بیارن ، چیروپترها از خون انسان ها تغذیه میکردن و به روش های معمولی از بین نمیرفتن ، گروه دوم سازمانی به نام Red Shield نام داشت که با پیدا کردن راه های غلبه بر چیروپترها قصد نابودی اونها رو داشتن ،Otonashi Saya دختر دبیرستانی ایه که با خانوادش زندگی آرومی داشت تا اینکه حادثه ای زندگی شادش رو بکلی از بین میبره و...

داستان این انیمه در دنیای پس از مرگ اتفاق میفتد. در این دنیا، یک گروه مسلح از دانش آموزان با رهبری دختری به اسم یوری بخاطر زندگی ناراحت کننده ای که در دنیا داشتند تصمیم دارند بر علیه خدا قیام کنند. در مقابل این افراد، موجودی به اسم فرشته وجود دارد که از توانایی های خاصی برخورداره و رئیس شورای دانش آموزیه. هدف این گروه، شکست دادن فرشته و در دست گرفتن دنیاست...

اوکیشیما شرایم در کنار یک دریاچه ی بسیار زیبا زندگی میکند.مستخدم شرایم ، کیساراگی سایا با اون و پدرش تادایوشی زندگی میکند. در روز ها اون مثل یک دختر دبیرستانی معمولی در دبیرستان سانابارا زندگی میکند اما در شب ها اون قدرت های ماوراء الطبیعه میگیرد و...