پسر ناروتو اوزوماکی، بوروتو، راه پدرش را به همراه دوستانش دنبال می کند تا نینجا بزرگ شود. بوروتو در تمام ماجراجویی‌های خود مصمم است تا جای خود را در دنیای نینجا بگذارد و خارج از خانواده پدرش زندگی کند.

انیمه ناروتو شیپودن که ادامه سری ناروتو است، ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از 3 سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند ناروتو امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو (یکی از سه سنین افسانه ای که بعد ها به دشمن دهکده کونوها تبدیل شد) نجات دهد در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل 10 شینوبی قدرتمند است و هدفش جمه آوری تمام هیولای دم دار است) فعالیت خود را آغاز می کند و در اولین اقدام کازگه دهکده شن گارا (جینچووریکی 1 دم) را می ربایند ناروتو به همراه استاد خود کاکاشی و هم گروهیش ساکورا برای نجات گارا به دهکده شن می روند ولی گروه آکاتسوکی دنبال ناروتو (جینچووریکی 9 دم) نیر هست ولی ناروتو قوی تر از چیزی بود که گروه آکاتسوکی فکر کرده بود...