کلاس ترور: مدت زمان 365 روز در مورد بازگشت ناگیسا و کارما به کلاس درس 7 سال بعد است.

یک پیرمرد ترسو توسط رئیس خود احضار می شود تا مدیر توکیتا اوهما شود، یک گلادیاتور بسیار ماهر که فقط به مبارزه و پیروزی در مسابقات کنگان اهمیت می دهد.

یک موجود قدرتمند ادعا می کند که در عرض یک سال ، زمین توسط او نابود خواهد شد ، اما او با تبدیل شدن به یک معلم خانه ، فرصتی را به بشر می دهد و در آنجا به دانشجویان خود می آموزد که چگونه او را بکشند. کلاس درس ترور آغاز می شود.

داستان این انیمه در دنیای پس از مرگ اتفاق میفتد. در این دنیا، یک گروه مسلح از دانش آموزان با رهبری دختری به اسم یوری بخاطر زندگی ناراحت کننده ای که در دنیا داشتند تصمیم دارند بر علیه خدا قیام کنند. در مقابل این افراد، موجودی به اسم فرشته وجود دارد که از توانایی های خاصی برخورداره و رئیس شورای دانش آموزیه. هدف این گروه، شکست دادن فرشته و در دست گرفتن دنیاست...

وقتی کیوتاکا وارد دبیرستان نخبگان تحت حمایت دولت می شود، متوجه می شود که این سیستم آموزشی چقدر شایستگی دارد...