اندکی پس از احضار به دنیای جدید ، سوبارو ناتسوکی و همراه جدید زن وی به طرز وحشیانه ای به قتل می رسند. اما بعد بیدار می شود تا خودش را در همان کوچه ، با همان اراذل و اوباش ، همان دختر پیدا کند و روز شروع به تکرار می کند.

انیمه ناروتو شیپودن که ادامه سری ناروتو است، ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از 3 سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند ناروتو امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو (یکی از سه سنین افسانه ای که بعد ها به دشمن دهکده کونوها تبدیل شد) نجات دهد در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل 10 شینوبی قدرتمند است و هدفش جمه آوری تمام هیولای دم دار است) فعالیت خود را آغاز می کند و در اولین اقدام کازگه دهکده شن گارا (جینچووریکی 1 دم) را می ربایند ناروتو به همراه استاد خود کاکاشی و هم گروهیش ساکورا برای نجات گارا به دهکده شن می روند ولی گروه آکاتسوکی دنبال ناروتو (جینچووریکی 9 دم) نیر هست ولی ناروتو قوی تر از چیزی بود که گروه آکاتسوکی فکر کرده بود...

داستان شروع و ساختن دوباره زندگی و زمانی که پاک و امیلیا با هم ملاقات میکنند و فرصت دیگری نصیب شان میشود ....