لاک پشت ها به پس از موفقیت در شکست دشمنانشان این با با یک خطر جدید مواجه می شوند که موجب به تخریب شهرشان میشود، آنها مثل همیشه آماده دفاع از شهر خود می باشند…

اواخر دهه ی 1980٫ «بابی» (فینیکس) و «جوزف» (والبرگ) دو برادر هستند که راهشان از هم جدا شده است. «جو» در ادامه ی راه پدرش، «برت» (دووال) وارد پلیس نیویورک شده است ولی «بابی» اداره ی یک کلوب شبانه در بروکلین را به عهده دارد. مالک کلوب او یک قاچاقچی مواد مخدر (موشونوف) است که با مافیای روسی ارتباطاتی دارد. «جو» و گروه ضربت شبی به کلوب حمله می کنند و خیلی زود «جو» کشته می شود…