داستان بر یک کشتی جنگی حامل هواپیماها بنام ایبوکی که برای اولین بار در ژاپن با چالش و کشمکش های جهانی روبرو میشود میپردازد .

یک سال از وقایع گشایش جعبه "لپلیس" گذشته است. در پی درگیری‌ به نام حادثه‌ی "لپلیس"، باقیمانده‌ی نیروهای "نئو زیون" ملقب به "اسلیوها" نابود شده‌اند. هم "بانشی‌ها" و هم "یونیکورن گاندام‌ها" از هوشیاری علنی محروم، در خفا زندانی شده و محکوم به فراموشی به دست تاریخ هستند. هر چند که ناگهان گزارش‌هایی از رویت یک "گاندام" دیگر به دست می‌رسد. "یونیکورن گاندامی" که باور می‌رفت دو سال پیش مرده باشد، دوباره بازگشته است و…

بشر در حال مرگ است. فقط یک مرد می تواند در این مورد کاری انجام دهد، کاپیتان فضایی هارلوک، اما ائتلاف گایا برای پایان دادن به او دست از کار نمی کشد....