یک داستان جاده ای اکشن ماجراجویی مدرن که در آن یک دختر 17 ساله به نام سوزومه به یک مرد جوان مرموز کمک می کند تا درهایی را که در سراسر ژاپن فاجعه می آفریند، از سمت بیرون ببندد.

پسری دبیرستانی که به توکیو فرار کرده دختری را دوست دارد که به نظر می رسد قادر به دستکاری هوا است...

بعد از هزار سال، شهاب‌سنگی به ژاپن اصابت می کند. میتسونا یک دختر دبیرستانی است که در روستا زندگی می کند و می خواهد به شهر برود زیرا از زندگی کسالت بارش در روستا خسته شده . از طرفی، تاکی، پسری دبیرستانی میباشد که در توکیو همراه دوستانش سکنی گزیده و نیمه وقت در رستورانی ایتالیایی کار می کند. او علاقه ی بسیار زیادی به هنر، بویژه در خصوص معماری دارد.یک روز، میتسونا خواب می بیند که درآن او مردی جوان شده است. درآن سوی، تاکی هم رویایی می بیند که او در آن یک دختر دبیرستانی در روستا است. در پسِ رویای آن‌ها چه رازی نهفته است؟…

تاکائو که یک دانش آموز درس خوان می باشد که دوست دارد طراح کفش ماهری شود. یک روز او تصمیم می گیرد که از مدرسه به باغ ژاپنی برود و در آنجا فکر کند و درباره آینده خود تصمیم گیری کند. در باغ زن مرموزی به نام یوکینو را می بیند و مجبور می شود وقتش را با او بگذراند. بعد از آن شروع به دیدن یکدیگر بدون اینکه قراری گذاشته شود میکنند، اما فقط در روزهای بارانی. کماکان این دو به باغ می روند اما پایان فصل بارندگی نزدیک است و . . .

داستانی آمیخته با عشق جوانی و موسیقی اسرار آمیز درباره رادیویی که توسط پدری به یادگار گذاشته شده و شخصت زن داستان را به اعماق دنیایی مخفی راهنمایی می کند...

داستان فیلم در ژاپن رخ می‌دهد و از سال 1990 شروع شده و در زمان حال به اتمام می‌رسد. این انیمه در سه فصل نشان داده می‌شود: فصل اول «شکوفه‌ی گیلاس»، فصل دوم «فضا‌نورد» و فصل سوم «5 سانتی‌متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می‌دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه‌ها و برخورد او و انسان‌های پیرامونش با محیط است...

در مقطع زمانی متفاوتی، ژاپن بعد از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده، در یکی از این مناطق به نام “هوکیادو” برج بلندی ساخته شده، که حتی از توکیو نیز قابل دیدن است. در تابستان 1996 سه دانش آموز به هم قول می دهند که توسط هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند اما…

سال 2046 است که یک نیروی بیگانه مرموز نابودی نژاد بشر را آغاز می کند. میکاکو با پشت سر گذاشتن فردی که دوستش دارد، به عنوان خلبان به نبرد بین ستاره ای می پیوندد. و بنابراین - در حالی که میکاکو زندگی خود را برای نجات بشر به خطر می اندازد - نوبورو منتظر می ماند. این دو عاشق که دنیاها از هم جدا هستند، ناامیدانه تلاش می کنند تا در ارتباط باقی بمانند، زیرا شکاف بین آنها با سرعتی ترسناک افزایش می یابد.