زمانی که دو پوکمون قدرتمند، دیالگا و پالکیا، از مسیرها عبور می‌کنند و می‌جنگند و ابعاد زمان و مکان را مخدوش می‌کنند، یک شهر ایده‌آل در هرج و مرج فرو می‌رود. تنها امید از Darkrai می آید، یک پوکمون سایه ای که مردم شهر از آن دوری می کنند.

پیکاچو به سمت درخت سرآغاز هستی میرود و همزمان اش و دوستانش نیز توسط لاساریو به آنجا راهنمائی میشوند و ...

دو دزد کنترل یک سلاح باستانی را به دست می گیرند که برای دفاع از شهر کانال آلتومار طراحی شده است.

Ash باید شکارچی را که پوکمون سلبی افسانه ای را مجبور می کند تا به او کمک کند تا یک جنگل را نابود کند، متوقف کند.

در شهر گرین‌فیلد، رویاها و آرزوهای یک دختر جوان و تنها توسط جمعی از پوکمون‌های واقعیت‌بخش به واقعیت تبدیل می‌شوند.

خاکستر کچام باید سه کره آتش، یخ و رعد و برق را جمع کند تا تعادل را به جزایر نارنجی بازگرداند.

وقتی دایانسی یک پوکمون گفت که الماس بسازد تا خرنیا را پیدا کند تا به او کمک کند تا برای نجات خانه‌اش یک الماس قلبی بسازد، Ash، Serena، Clemont و Bonnie به او کمک می‌کنند تا در راه از دست دزدان در امان بماند.

دانشمندان با استفاده از علم ژنتیک ، پوکمونی جدید به نام میوتو را می‎سازند ، اما نتایج وحشتناک و فاجعه بار است ...