داستان فیلم با برآمدن هیولاهایی غول پیکر به نام کایجو از دریاها آغاز می شود . انسانها برای مبارزه با کایجوها ، روبوت هایی به نام جَگِر می سازند که این روبوت ها از طریق ارتباط عصبی با دو انسان کنترل می شوند . اما حتی قدرتمندترین جَگِرها هم توانایی مقابله با کایجوها را ندارند . یک خلبان سابق (چارلی هانم) و یک کارآموز (رینکو کیکوچی) دست به دست هم می دهند و کنترل یک جَگِر بسیار قدرتمند و قدیمی را عهده دار می شوند تا آخرین امیدهای نسل بشر را زنده نگه دارند ...

ماجرای فیلم از جایی شروع می شود که یک راننده کامیون آمریکایی بنام «جک برتون» به همراه دوستش «ونگ چی» به فرودگاه بین المللی سان فرانسیسکو می رود تا نامزد ونگ را سوار کند...