این انیمیشن شش ماه بعد از ماجرای اصلی در مانگا در جریان است ، یوگویت موتو و دوستانش در سال آخر دبیرستان بوده و در مورد آنچه که در آینده انجام خواهند داد صحبت می کنند.در همین بین، سیتو کایبی مامور میشود تا برای پیدا کردن "پازل هزار ساله" به "معبد زیرزمینی" رهسپار شود اما ...

درباره ی یک سرباز زن جوان به نام دیونان و شریک سایبورگ او هست که پس زنده ماندن از جنگ جهانی سوم آخرالزمانی نیویورک در جستجوی امید آینده ی بشریت هستن...

هادس شکست خورده است و سیا نمی تواند از زخم های آن نبرد بیدار شود، سائوری دور از شهر از او مراقبت می کند. در همین حال آرتمیس به زمین می آید و قدیسان برنزی را به خاطر کشتن یک خدا می گیرد.

مبارزه‌ی دوران‌ها میان قهرمان افسانه‌ای و خدای اسکلت ساحر در حال انجامه، اما وقتی گرد و خاک‌ها از میان می‌ره، یه چیزی درست بنظر نمی‌رسه… در آخرین لحظات این مبارزه‌ی بزرگ، هیچکس انتظار آخرین حرکت پر ریسک خدای اسکلت ساحر رو نداشت، جادوی تناسخ! در آن سوی فضا و زمان، پسری بنام شینویاما پولکا بیدار می‌شه، اما حس و حال همیشگی خودش رو نداره…

هانتر ( به معنی شکارچی ) فردیه که دور دنیا سفر میکنه و هر جور ماموریت خطرناکی که فکرشو بکنید انجام میدم . از دستگیر کردن مجرم ها گرفته تا کند و کاو و جستجوی سرزمین های ناشناخته به دنبال گنج . گون ( Gon ) پسر جوونیه که پدرش چندین سال پیش ، موقعی که یه هانتر بوده ، ناپدید شده . گون باور داره که اگه بتونه پا جای پای پدرش بزاره ، ممکنه یه روز بتونه دوباره بش بپیونده . بعد از اینکه گون 12 سالش میشه ، خونه رو ترک میکنه و ماموریت شرکت در آزمون " هانتری " رو امتحان میکنه . آزمونی که بخاطر پیشرفت کندی که آزمون دهنده داره و درصد بالای مرگش برای هانتر رسمی شدن حسابی معروف شده . گون با کوراپیکا که به عشق انتقام زندس ، با لوریو که میخواد در آینده دکتر بشه و با کیلوآ که قبلا یه آساسین سرکش بوده دوست میشه . و همین جور که ماموریت های سخت تری رو ، به عنوان یه هانتر ، پشت سر میزارن و با خطرات و تهدیدهای بیشتری رو به رو میشن رفاقتشون گسترده تر میشه.

در دنیای شینیگامی ها ( شینیگامی = خدایان مرگ در اساطیر ژاپن) شینیگامی ای برای سرگرمی دفترچه یادداشتش را بین انسانها می اندازد. در این دفترچه یادداشت، وقتی نام کامل هرکس با زمان و نحوه مرگ او یادداشت شود، او به همان صورت خواهد مرد،نقش اول داستان، پسر بسیار باهوشی به نام یاگامی لایت است که به طور اتفاقی این دفترچه رو پیدا کرده وتصمیم میگیره با این دفترچه مرگ، جنایتکاران را مجازات کنه ،کارآگاهی به نام L برای متوقف کردن لایت وارد عمل میشه و ...

تاکاتو ماتسودا،روکی ماتسونو و لی جنریا بچه هایی هستن که با سرنوشت صاحب دیجیمون های واقعی شدن.نه مثل اونایی که تو کارتاشون بازی میکردن.هر کدوم از بچه ها یا هم تیمی های دیجیمون نظرات متفاوتی دارند که چطور باید با دیجیمون ها برخورد کنن.اما وقتی بقیه دیجیمون شروع به پدیدار شدن اطراف ژاپن کردن،اونا باید اختلافاشون رو کنار بزارن تا مزاحمان دیجیتال رو دفع کنن.اگرچه یاماکی کسی که رئیس یه سازمان مخفی به اسم هایپنوز هست سعی داره تاخودش تموم دیجیمون ها را بدست بیاره.

Digimon Adventure چند سال بعد از ماجراهای کودکان انتخاب شده در دنیای دیجیتال، یک دسته جدید از کودکان انتخاب میشوند که دنیای دیجیتال را نجات بدهند.حاکم شر شناخته شده به عنوان قیصر،یا امپراطور Digimon دنیای دیجیتال را به بردگی مجبور میکند.گروه جدیدی از کودکان برگزیده، با کمک Digimon خود، سفر خودشون رو برای شکست امپراطور دیجیمون، شروع میکنند.