ماجرای فیلم ادامه قسمت اول (Night at the Museum 2006) است که حول و هوش اتفاقاتی است که در موزه اسمیتسونیان واشنگتن رخ میدهد .(بن استیلر) که بعد ازاتفاقات داستان اول از شهر خارج شده بعد از گذشت چند وقت به شهر بر میگرده و متوجه میشه که موزه قبلی تعطیل شده و تمام اشیاء عتیقه این موزه به موزه جدیدی در واشنگتن انتقال پیدا کرده . شخصیتهای جدید این قسمت ماجراهای جالب و خنده داری رو رقم میزنن که هر بیننده ای رو به خودش جلب میکنه …

«لری دیلی» (استیلر) کاری را به عنوان نگهبان شب موزه ی تاریخ طبیعی قبول می کند اما در نخستین شب نگهبانی اش در می یابد که چه کار مشکلی دارد: شب که فرا می رسد یک طلسم مصری، اشیا و فیگورهای مومی را زنده می کند!....

داستان درباره یه شهر کوچک زراعی به اسم مدیا راک نامیده می شوند توی سطح شهر پخش میشوند، که این سنگ ها تاثیرات عجیبی روی آدمهای داخل شهر دارد و قدرت های متفاوتی به آدمها میدهد که اکثرا هم آدمهای شر این قدرتها را بدست میاورند ولی همراه این شهاب باران ها پسر بچه ای هم از فضا به زمین می آید و توسط خانواده ای که بچه دار نمی شدند به طور اتفاقی پیدا می شود. این بچه قدرتهای عجیبی دارد و این خانواده تصمیم میگرند که این بچه را بزرگ کنند و چون نمی خ واستند مشکلی برای این بچه به وجود بیاید قدرتهای استثن ایی او را از همه مخ فی نگه میدارند . خلاصه جریان داستان از آنجا شروع می شود که این پسر بچه که اسمش را کلارک گذاشته بودند بزرگ شده و به مدرسه می رود و در هر قسمت درگیر جریان تازه ای می شود و از نیروهای عجیبش استفاده می کند.

وقتی دکتر روباتنیک شیدایی با یک متحد جدید به زمین بازمی گردد، ناکلز اکیدنا، سونیک و دوست جدیدش تیلز همه چیزهایی هستند که در راه آنها قرار می گیرند...