داستان این فیلم درباره هیپاتیا (ریچل وایس) بانوی ستاره‌شناس و فیلسوف در اسکندریه در دوران حکومت روم بر این سرزمین در قرن چهارم میلادی و رابطه او با دو رقیب عشقی، یکی برده‌اش داووس (مکس مینگلا) و دیگری اشراف‌زاده‌ای به‌نام اریستس (اسکار آیزاک) است. داووس از سویی عاشق بانوی خود شده و از سویی دیگر می‌تواند با پیوستن به طغیان مسیحیان به آزادی برسد. در کنار داستان رمانتیک فیلم، داستان تاریخی نیز روایت می‌شود. داستان قدرت‌گیری مسیحیان و تسلط تعصب و جهل مذهبی بر خردورزی و دانش، که تصویری نمادین از کشمش‌های ایدئولوژیک دوران معاصر را تداعی می‌کند.

داستان فیلم متمرکز است بر زندگی مریم و یوسف و زمانی که آنها برای تولد عیسی مسیح به بیت‌ لحم مهاجرت کردند...

پس از ماجرای گروگان گیری در المپیک مونیخ که منجر به قتل چند ورزشکار رژیم صهونیستی می شود، دولت رژیم صهونیستی به سازمان اطلاعاتی کشور مأموریت می دهد تا فلسطینی های مسئول مرگ ورزشکاران را پیدا کنند و به قتل برسانند...