یک فیلم بسیار تجربی که داستانی خارج از ترتیب زمانی را ارائه می‌کند که 15 سال پس از یک فاجعه تقریبا آخرالزمانی اتفاق می‌افتد، در مورد چهار نوجوان 14 ساله آسیب دیده که وظیفه هدایت سلاح‌های تعیین‌کننده انسان‌نمای عظیم به نام Evangelion را دارند، بزرگسالانی که از نظر روانی ناسازگار هستند و آنها را کنترل و فرمان می‌دهند. و رویدادها و نیروهایی که آنها را تحت تأثیر قرار می دهند یا در آنها شرکت می کنند زیرا با مهاجمان خصمانه عظیمی که به نام "فرشتگان" شناخته می شوند، شرکت می کنند.