مدتها از زمانی که مامیل به دلیل بد بودن صدایش از پنگوئن های دیگر جدا شد و سفر شگفت انگیزی را شروع کرد می گذرد.حالا مامبل با دختر مورد علاقه اش گلوریا ازدواج کرده و آنها صاحب فرزندی شده اند که او نیز به مانند پدر و مادرش استعدادهای نهفته ایی در خود دارد. اما این زندگی خوش چندان دوام ندارد و...

“جان” صبح در یک هتل ناشناس و عجیب تنها از خواب بر می خیزد. او حافظه اش را از دست داده و پلیس نیز بخاطر یکسری جنایت که او هیچ چیزی در موردشان به یاد نمی آورد، در تعقیب اوست. زمانی که او می کوشد تا گذشته اش را بخاطر آورد وارد یک دنیای زیر زمینی می شود که توسط یکسری موجودات بسیار قدرتمند که به بیگانه مشهور هستند کنترل می شود. این بیگانه ها دارای این قدرت هستند که افراد را به خواب ببرند و شهر و اهالی آن را دچار تغییر کنند. اکنون جان بایستی راهی را برای متوقف کردن آنها قبل از اینکه کنترل ذهن وی را بدست گرفته و او را نابود کنند، پیدا کند …

چیزی از پیروزی «بیب» در مسابقه چوپانی در قسمت قبلی نمی‌گذرد که‌ "هاگت" مزرعه‌دار آسیب می‌بیند و دیگر نمی‌تواند کار کند. "بیب" برای نجات مزرعه باید به شهر بزرگ برود...

«آلبرت هوگت» (کرامول) بچه خوکی را که مادرش او را «بیب» صدا می زده، می خرد و به مزرعه ی سبز و بزرگش می برد. «بیب» خیلی زود با دیگر حیوانات مزرعه آشنا می شود و با هوشی که دارد جای سگ گله ی مزرعه، «رکس» را می گیرد.