داستان این فیلم در مورد موجودی به نام آلیتا میباشد که از دوران ناامیدی سر بر آورده ، داستان فیلم در قرن بیست و ششم ، سیصد سال بعد از یک فروپاشی اجتماعی بزرگ اتفاق می‌افتد که توسط یک سرگرد جنگی شروع شده‌، در دوره‌ای که پیشرفت تکنولوژی بسیار بالا میباشد ، آلیتا توسط دکتری مرموز به نام دکتر ایدو که در حال جمع آوری قطعات یک سایبورگ است ، پیدا می‌شود و…