یکسال از زمانیکه دکتر جاناتان کرین « معروف به مترسک » که بطور اسرارآمیزی ناپدید شد و همچنین نقشه های راس برای نابود کردن شهر گاتهام توسط بتمن خنثی شد، گذشته است. اکنون با تلاشهای بروس وین، بتمن و کمکهای ستوان حیمز گوردون و یک بازپرس قضایی جدید به اسم هاروی دنت که قصد ازدواج با راشل را دارد، مردم شهر احساس آرامش می کنند. اما این وضعیت پایدار نمی ماند زیرا یک جنایتکار روانی و بسیار باهوش به اسم جوکر با نقشه هایش می کوشد تا آرامش شهر را بهم زده و هرج و مرج و رعب و وحشت را در شهر حاکم کند و با اینکار بتمن را به مبارزه بطلبد. بتمن با کمک هاروی می کوشد تا هر طور شده جوکر را متوقف ساخته و او را در چنگال عدالت قرار دهد اما جوکر ...

داستان سریال در نقطه ای دور دست از جهان هستی روی می دهد، جایی که تمدن بشری دیگری بصورت مجموعه ای از سیاره ها که با نام دوازده کولونی شناخته می شوند مشغول به حیات است. در حال حاضر این نسل از بشر در حال جنگ با سایلون هاست؛موجوداتی که در واقع از همان رباتهایی پدید آمده اند که سالها پیش انسانها خود آنها را آفریده بودند و اکنون این رباتها که به سطح پیشرفته ای از هوش و فناوری رسیده اند با تکنیک های خاص به جنگ با انسانها برخواسته اند و به طوری ناگهانی در صدد جنگ با انسانها بر می آیند و بدین ترتیب با انفجار هسته ای تمامی دوازده سیاره را نابود می کنند و با جنگ فضایی تمامی سفینه های انسانها را نیز از بین می برند. اما سفینه ی فضایی گالاکتیکا تنها سفینه ای ست که نجات پیدا می کند و بدین ترتیب مسئولیت سنگین نجات نسل بشر بر دوش سرنشینان این سفینه می افتد. حال آنها چاره ای ندارند جز اینکه از چنگ سایلون ها بگریزند و با اسکان در سیاره ای تازه به ادامه ی زندگی بپردازند تا بدین ترتیب نسل بشر به حیات ادامه دهد. بنابراین سرنشینان سفینه با امید به افسانه ای قدیمی که مبتنی بر وجود نسلی دیگر از انسانها در سیاره ای به نام "زمین" است در فضای بی کران هستی به دنبال پناهگاهی برای ادامه حیات خود به حرکت در می آیند...