بعد از اینکه خدمه سفینه "اینترپرایز" با یک تهدید وحشتناک از جانب یکی از افراد سازمان خودشان مواجه می شوند, "کاپیتان کیرک" تصمیم می گیرد یک گروه تعقیب تشکیل دهد و برای دستگیری آن شخص و پیدا کردن سلاح کشتار جمعی اش وارد منطقه جنگی شوند و ...

زمانی که مشخص می شود سازمان IMF مسوول انفجار در کرملین بوده است‌، تصمیم گرفته می شود تا این سازمان برای همیشه تعطیل شود، اما «اتان هانت» و گروه جدیدش برای اثبات بی گناهی و پاک کردن نام سازمان خود از این اتهام، بر خلاف دستورات مقامات بالاتر وارد عملیاتی می شوند و....