جیک سالی سرباز فلج نیروی دریایی به ماموریتی در پاندورا، قمر یکی از سیارات دوردست میرود. او در میابد که که انسان‌ها قصد دارند موجودات شبه انسان پاندورا بنام «ناوی» را نابود کنند تا منابع با ارزش آن‌ها که در جنگل‌هایشان نهفته است، را بدست آورند...

داستان قسمت سوم درست از جایی شروع می‌‌شود که قسمت دوم(ارباب حلقه‌ها: دو برج) تمام شده بود.اِنت‌ها از برج آیزنگارد محافظت می‌کنند و فرودو (الیجا وود) و سام (شون آستین) که توسط گالوم هدایت می‌‌شوند در بیابان داگورلد(میدان نبرد) هستند، و این در حالی است که حلقه از گردن فرودو آویزان است. او با سام راه کوه هلاکت را در پیش گرفته و سنگینی حاصل از مسئولیتی را که حلقه روی دوشش گذاشته است را احساس می‌‌کند. آنها باید به کوه هلاکت بروند چرا که حلقه در آنجا به وجود آمده ودر آنجا هم باید از بین برود. که ناگهان با تاریکی هوا مواجه می‌‌شوند و باید از گالوم که یکی ار حمل کننده‌های سابق حلقه بوده است و اکنون چهره‌اش تغییر یافته کمک بگیرند...