"رستاخیزهای ماتریکس" به 20 سال پس از رویدادهای "انقلاب‌های ماتریکس" می رود و زندگی به ظاهر عادی نئو به عنوان «توماس ای. اندرسون» در سان فرانسیسکو را به تصویر می کشد، جایی که یک تراپیست برای او قرصهای آبی تجویز کرده است. نئو و ترینیتی یکدیگر را نمی شناسند اما مورفیوس قرص قرمز را به نئو پیشنهاد می کند و گشوده شدن درهای ذهنش را به دنیای ماتریکس...

کارآگاه سابق پلیس آدریان مانک که دچار اختلال و وسواس از قتل همسرش شده و در حال حاضر در مرخصی روانی از اداره پلیس سان فرانسیسکو قرار داره ، توسط دوستان خود و به کمک پرستارش سعی میکنه رئیس سابقشو متقاعد کنه که به او اجازه بده که به اداره پلیس برگرده تا بتونه با استفاده از حافظه قوی و توانایی های شگفت انگیزش پی به ماجرای قتل همسرش ببره و...