وقتی «انسان جهش یافته»ای به نام «نایت کراولر» (کامینگ) سوء قصدی نافرجام علیه رئیس جمهور (اسمیت) انجام می دهد، «پروفسور زیوئر» (استوارت) و مدرسه ی مخصوص جوانان استثنایی اش مظنون شناخته می شوند. اما پیش از این که «افراد ایکس» از خود رفع اتهام کنند، گروهی به رهبری «ویلیام استرایکر» خبیث (کاکس) به مدرسه هجوم می آورند...

سریال تلوزیونی The X-Files ماجراهایی از ماموران FBI را دنبال میکند که اتفاقات ماوراالطبیعه و حل نشده را رسیدگی میکنند. ماموران ویژه ی اف بی آی ، Mulder, Scully, Doggett and Reyes تلاش میکنند تا نیروهایی که در حکومت ایالات متحده ی امریکا سعی بر نقض حقوق مردم دارند و موجودات خارجی و ... که حمله میکنند و رمز و رازهایی دیگر را کشف کنند. ماموران FBI یعنی فاکس مولدر و دانا اسکالی اصلا شبیه به هم نیستند. مولدر بر این باور است که در این جهان حوادث ماورا الطبیعه رخ میدهد در حالی که اسکالی نه.آن ها پا به پای هم اتفاقات ماوراالطبیعه ای را بررسی میکنند که در سراسر داستان آنها را به سمت توطئه هایی در حکومت رهسپار میکند. و در طول مسیری که آنها برای حل مشکلات می پیمایند همه چیز به همان حوادث ماوراالطبیعه مربوط است.