وقتی «انسان جهش یافته»ای به نام «نایت کراولر» (کامینگ) سوء قصدی نافرجام علیه رئیس جمهور (اسمیت) انجام می دهد، «پروفسور زیوئر» (استوارت) و مدرسه ی مخصوص جوانان استثنایی اش مظنون شناخته می شوند. اما پیش از این که «افراد ایکس» از خود رفع اتهام کنند، گروهی به رهبری «ویلیام استرایکر» خبیث (کاکس) به مدرسه هجوم می آورند...

داستان سریال در نقطه ای دور دست از جهان هستی روی می دهد، جایی که تمدن بشری دیگری بصورت مجموعه ای از سیاره ها که با نام دوازده کولونی شناخته می شوند مشغول به حیات است. در حال حاضر این نسل از بشر در حال جنگ با سایلون هاست؛موجوداتی که در واقع از همان رباتهایی پدید آمده اند که سالها پیش انسانها خود آنها را آفریده بودند و اکنون این رباتها که به سطح پیشرفته ای از هوش و فناوری رسیده اند با تکنیک های خاص به جنگ با انسانها برخواسته اند و به طوری ناگهانی در صدد جنگ با انسانها بر می آیند و بدین ترتیب با انفجار هسته ای تمامی دوازده سیاره را نابود می کنند و با جنگ فضایی تمامی سفینه های انسانها را نیز از بین می برند. اما سفینه ی فضایی گالاکتیکا تنها سفینه ای ست که نجات پیدا می کند و بدین ترتیب مسئولیت سنگین نجات نسل بشر بر دوش سرنشینان این سفینه می افتد. حال آنها چاره ای ندارند جز اینکه از چنگ سایلون ها بگریزند و با اسکان در سیاره ای تازه به ادامه ی زندگی بپردازند تا بدین ترتیب نسل بشر به حیات ادامه دهد. بنابراین سرنشینان سفینه با امید به افسانه ای قدیمی که مبتنی بر وجود نسلی دیگر از انسانها در سیاره ای به نام "زمین" است در فضای بی کران هستی به دنبال پناهگاهی برای ادامه حیات خود به حرکت در می آیند...

کاپیتان هانت و خدمه کشتی فضایی از آندرومدا در یک ماموریت برای بازسازی مشترک المنافع سیستم 300 سال پس از سقوط آن مجموعه است.

گروهی از کودکان که دارای ژنتیکی پیشرفته می باشند از آزمایشگاهی که روی آنها پروژه هایی انجام می شد فرار کردند .سال ها بعد Max را ملاقات می کنیم او که یکی از فراری ها بود حالا مشغول خدمات پیام آوری در شمال شرقی است و ...