یک هکر کامپیوتری به نام «توماسن آندرسن» (ریوز) با «مورفیوس» (فیش برن) آشنا می شود که اطلاعات جالبی در اختیارش می گذارد: هر آن چه در پیرامونش می گذرد، غیر واقعی است و اکنون سال 2199 است و «توماس» نیز قربانی «ماتریکس» است؛ یک سیستم هوشمند عظیم مصنوعی که به ذهن آدم ها رسوخ کرده و توهم واقعی بودن دنیا را برای شان به وجود آورده است…

داستان سریال در مورد یک تیم از محققان علمی متعلق به یک گروه علمی هستند که بر روی پدیده های ماوراء الطبیعه تحقیق میکنند.