«پیتر پارکر» (مگوایر) هنوز برای روزنامه ی «دیلی باگل» کار می کند و هنوز آماده است تا در هیئت «اسپایدر من» به کمک مردم بشتابد. تا این که یک توده ی سیاه رنگ ماورای زمینی خود را به بدن او می چسباند و «پیتر» را متوجه نیمه ی تاریک وجودش می کند. به این ترتیب یک «اسپایدر من» خشن و بی رحم پا به عرصه می گذارد...

«پیتر پارکر» - «اسپایدرمن» (مگوایر) خود را از فعالیت های نجات بخش کنار کشیده و با زحمت درسش را در دانشگاه کلمبیا ادامه می دهد و کما کان به عنوان عکاسی نیمه وقت برای روزنامه ی «دیلی با گل» کار می کند. تا این که ناچار می شود برای مقابله با تهدیدات دانشمند دیوانه ای به نام «دکتر اکتاویوس» (مولینا) وارد عمل شود...