این انیمیشن شش ماه بعد از ماجرای اصلی در مانگا در جریان است ، یوگویت موتو و دوستانش در سال آخر دبیرستان بوده و در مورد آنچه که در آینده انجام خواهند داد صحبت می کنند.در همین بین، سیتو کایبی مامور میشود تا برای پیدا کردن "پازل هزار ساله" به "معبد زیرزمینی" رهسپار شود اما ...

"کاندا" رهبر یک گروه موتور سواری است.دوست نزدیک او "تتسو" وارد یک پروژه دولتی مخفی به نام "آکیرا" می شود.او در راهش برای نجات "تتسو" با گروهی از فعالان ضد دولتی،سیاستمداران حریص،دانشمندان بی مسئولیت و یک رهبر نظامی قدرتمند برخورد می کند...

انیمه ناروتو شیپودن که ادامه سری ناروتو است، ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از 3 سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند ناروتو امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو (یکی از سه سنین افسانه ای که بعد ها به دشمن دهکده کونوها تبدیل شد) نجات دهد در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل 10 شینوبی قدرتمند است و هدفش جمه آوری تمام هیولای دم دار است) فعالیت خود را آغاز می کند و در اولین اقدام کازگه دهکده شن گارا (جینچووریکی 1 دم) را می ربایند ناروتو به همراه استاد خود کاکاشی و هم گروهیش ساکورا برای نجات گارا به دهکده شن می روند ولی گروه آکاتسوکی دنبال ناروتو (جینچووریکی 9 دم) نیر هست ولی ناروتو قوی تر از چیزی بود که گروه آکاتسوکی فکر کرده بود...

این مجموعه در یک تورنمنت شروع می شود که در آن یک سامورایی مسلح با یک نابینا روبرو می شود و به سرعت به عقب می نشیند تا تاریخ بین دو مبارز را فاش کند.

r. Kenzo Tenma دکتر ژاپنی جوانی است که به عنوان جراح مغز در بیمارستانی که توسط Heinemann اداره میشود مشغول به کار میشود و مدارج ترقی را یکی پس از دیگری طی میکند و به موفقیت و اعتبار بسیار بالایی دست میابد و با Eva دختر Heinemann نامزد میشود اما او مخالف سیاست های درمانی ای است که بیمارستان در قبال بیماران مختلف اتخاذ میکند و همواره در پی عوض کردن انها است روزی دو مجروح که دو قلو هستند را به بیمارستان میاورند که یکی از انها زخم گلوله ای در سر دارد و دیگری کلماتی را با خودش زمزمه میکند که راجع به کشتار و... میباشد پس از مدت کوتاهی بیمار دیگری که یک شخصیت ساسی برجسته هست نیز در بیمارستان بستری میشود و Tenma تصمیم میگیردبرخلاف سیاست های بیمارستان وارد عمل شود و به جراحی بیمار اولی بپردازد با این تصمیم بیمار اولی نجات میابد اما ساستمدار جان خویش را از دست میدهد به این ترتیبTenma همه چیزش حتی نامزدش را از دست میدهد ...پس از برکناری Tenma قتل های مرموزی در بیمارستان به وقوع میپیوندد و اکثر دکتران به طرز مرموزی به قتل میرسند که Heinemann رییس بیمارستان نیز جز مقتولین هست به این ترتیب چشم همگان به سوی Tenmaبرمیگردد...

دوازده سال قبل از شروع داستان، روباهی شرور و قدرتمند با 9 دم به نام کیوبی به دهکده ی کونوها حمله می‌کند. هوکاگه چهارم با استفاده از یک طلسم قوی و با قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند.ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم دهکده ی کونوها او را همان کیوبی می‌بینند و از او متنفر هستند. بنا به فرمان هوکاگه ی سوم هیچ‌کس حق ندارد در مورد وقایع رخ‌داده مرتبط با حمله کیوبی حرفی بزند؛ برای همین همسالان ناروتو چیزی در این مورد نمی‌دانند. با این وجود به‌علت رفتار بزرگسالان و تأثیر این رفتار تنفرآمیز بر روی فرزندانشان، ناروتو دوران کودکی خود را بدون هرگونه رابطه ی صمیمانه و دوستی سپری می‌کند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع شیطنت و خرابکاری می‌زند. در آغاز ناروتو بدترین شاگرد مدرسه ی نینجاها است اما با تلاش زیاد قدرت‌های خودش را افزایش می‌دهد و بالاخره فارغ‌ التحصیل می‌شود. پس از فارغ‌ التحصیلی، نینجاهای مبتدی به گروه‌های سه نفره تقسیم می‌شوند. ناروتو نیز به همراه ساسوکه اوچیها (بهترین شاگرد مدرسه) و ساکورا هارونو (که ناروتو به او علاقه‌مند است) در یک گروه قرار می‌گیرند. تربیت آنها را هم کاکاشی هاتاکه یکی از بهترین نینجاهای کونوها (که همیشه ماسکی بر صورت دارد) به عهده می‌گیرد.

کاگومه دختریه که توی یک معبد با مادر و برادر و پدربزرگش که همیشه طلسم ها تقلبی درست میکنه زندگی می کنه اما یک روز زندگی اون به کلی عوض میشه همون روزی که سر چاه مهر و موم شده میره و ناگهان یک دیو که شبیه یه نصفه زن و هزارپا است از توی چاه میاد بیرون و اونو با خودش به ژاپن دوره ی فئودال عصر افسانه ها و هیولا ها میبره تا سنگ مقدسو از کاگومه بگیره و با استفاده از قدرت اون به یک دیو قدرتمند تبدیل بشه در حین فرار کاگومه پسری را میبینه که با یک تیر به درخت دوخته شده و انگار خوابیده که تا کاگومه میاد که...

در دوران بازسازی میجی ژاپن، یک قاتل انسانیت خود را باز می یابد.

یوسوکه ( Yuusuke Urameshi ) ، یک جوان ولگرد ، پس از دیدن آخر خط زندگی اش هنگام تصادف با ماشین ، تلاش می کند که تبدیل به کاراگاه ارواح ( Spirit Detective ) بشود و دوباره به زندگی برگردد . او با کوابارا ( Kuwabara ) هم کلاسی اش و هی ای ( Hiei ) و کوراما ( Kurama ) که دو دیو قدرتمند هستند ، هم تیمی می شود تا دنیای ارواح و انسان ها را بهبود ببخشد . آنها هم چنین در مسابقات رزمی شرکت می کنند و قدرتهای خود را به نمایش می گذارند.

افراد مختلف، به ویژه دو فرمانده در حال ظهور، با یک درگیری عظیم فضایی مداوم بین دو کشور بین ستاره ای کنار می آیند.